Ngày 28/7/2017, UBND tỉnh Hưng Yên ban hành Quyết định số 2156/QĐ-UBND thành lập Ban quản lý Khu di tích Quốc gia đặc biệt Phố Hiến (gọi tắt là Ban Quản lý khu di tích). Theo đó, Ban Quản lý khu di tích trực thuộc UBND thành phố Hưng Yên, là đơn vị sự nghiệp công lập thực hiện chức năng quản lý, khai thác, bảo tồn, tôn tạo, phát huy các giá trị lịch sử, văn hóa, khoa học và kiến trúc nghệ thuật Khu di tích quốc gia đặc biệt Phố Hiến.

Ban Quản lý khu di tích trực tiếp quản các di tích gồm: Văn miếu Xích Đằng, đền Mây, đền Kim Đằng, đình An Vũ, đền Nam Hòa, đình Hiến, Đông Đô Quảng Hội, đền Trần, đền Mẫu, đền Thiên Hậu, đền Bà Chúa Kho, Võ Miếu, đền Cửu Thiên Huyền Nữ, đền Lạc Long Quân, Nhà lưu niệm Chủ tịch Hồ Chí Minh; quản lý gián tiếp theo quy định của pháp luật các di tích là các cơ sở tôn giáo: Chùa Chuông, chùa Hiến, chùa Phố, chùa Nễ Châu.

Nhiệm vụ của Ban Quản lý khu di tích gồm: Xây dựng kế hoạch phát triển Khu di tích quốc gia đặc biệt Phố Hiến; tổ chức quản lý, thực hiện các biện pháp khai thác, phát huy các giá trị nghệ thuật, văn hóa, giáo dục, khoa học của các công trình kiến trúc và các công trình phụ trợ; quản lý các nguồn vốn đầu tư xây dựng, các dự án trùng tu, tôn tạo, tu bổ, bảo tồn, phục hồi các di tích; tổ chức thu hút, tiếp nhận nguồn công đức của các tổ chức, cá nhân đóng góp, tu bổ; tổ chức lễ hội truyền thống, hoạt động văn hóa, văn nghệ, du lịch tâm linh tại các di tích được giao quản lý,…

Ngày 01/7/2025, UBND tỉnh Hưng Yên ban hành Quyết định số 27/QĐ-UBND thành lập Ban Quản lý di tích tỉnh thuộc Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Hưng Yên trên cơ sở hợp nhất Ban Quản lý Di tích tỉnh thuộc Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Hưng Yên, Ban Quản lý Khu di tích quốc gia đặc biệt Phố Hiến thuộc Ủy ban nhân dân thành phố Hưng Yên (tỉnh Hưng Yên) với Ban Quản lý di tích Chùa Keo thuộc Ủy ban nhân dân huyện Vũ Thư (tỉnh Thái Bình) và tiếp nhận nhiệm vụ quản lý di tích Quốc gia đặc biệt Đền Trần Thái Bình thuộc Trung tâm Văn hóa - Thể thao huyện Hưng Hà (tỉnh Thái Bình), nhiệm vụ quản lý di tích từ Bảo tàng tỉnh Thái Bình.

Như vậy, tính đến thời điểm hiện tại, Di tích quốc gia đặc biệt Khu di tích Phố Hiến thuộc sự quản lý trực tiếp của Ban Quản lý di tích tỉnh Hưng Yên.

1. Ban Quản lý di tích tỉnh là đơn vị sự nghiệp công lập; có tư cách pháp nhân, có con dấu, tài khoản riêng theo quy định của pháp luật; chịu sự chỉ đạo, quản lý trực tiếp về tổ chức, biên chế và hoạt động của Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch; đồng thời chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra về chuyên môn, nghiệp vụ của các cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

2. Trụ sở làm việc

a) Trụ sở chính: Đường Nguyệt Hồ, phường Phố Hiến, tỉnh Hưng Yên.

b) Cơ sở 2: Di tích quốc gia Chùa Keo, xã Vũ Tiên, tỉnh Hưng Yên.